La línea temática de Defensa del territorio, mediante investigación aplicada en comunidades indígenas, se dedica a proteger y preservar los territorios ancestrales así como a promover prácticas que aseguren la soberanía territorial de estas comunidades. Esto incluye la reivindicación legal de los derechos territoriales, la prevención del despojo de tierras, la promoción de sistemas de autogestión, la educación en conciencia territorial y la resistencia pacífica y legal. Esta línea de investigación apunta a proteger los derechos de las comunidades indígenas, preservando sus identidades culturales, conocimientos tradicionales y recursos naturales, al mismo tiempo que promueve la justicia y la autonomía en relación con sus tierras y territorios.