El programa de investigación aplicada es un programa de apoyo y acompañamiento a procesos de intercambio de saberes y recuperación de conocimiento colectivo comunitario a nivel local, el cual fortalece procesos de identificación de necesidades o problemas específicos expresados por los pueblos y comunidades indígenas y afrodescendientes.

La participación en este programa es a través de las convocatorias anuales lanzadas por el CITSAC. El objetivo de la convocatoria es apoyar el quehacer de los colectivos comunitarios, equipos de trabajo y personas que desarrollan este tipo de investigación y  que pertenecen a las comunidades, a través del acompañamiento del equipo de investigación del CITSAC, la posibilidad de un apoyo económico y del intercambio de experiencias con personas que impulsan proyectos similares en sus comunidades.