Entendemos a las desigualdades de género como un pilar que sostiene el sistema capitalista global, el cual, en su fase neoliberal, amenaza constantemente a la naturaleza, la reproducción social, la democracia y los territorios. Históricamente, los pueblos indígenas se han visto afectados en estos rubros al representar una de las poblaciones más vulnerabilizadas frente al despliegue del capitalismo, debido a factores como la raza, la clase y el género. Esta línea temática busca incentivar proyectos que propongan investigaciones, proyectos o alternativas que puedan cuestionar el orden de género.  

Los temas a desarrollar en esta línea son, de manera enunciativa, más no limitativa las siguientes: masculinidades, capitalismo, disidencias e identidades; cuidados (reproducción social); sistema sexo-género; alternativas comunitarias; clase, raza, etnia; género y periferia; justicia restaurativa y medios alternos de solución de controversias; decolonialida; prácticas o problemáticas de género en pueblos originarios; violencias de género en las TIC. 

Esta línea temática busca facilitar las condiciones para que las comunidades desarrollen proyectos que cuestionan el orden de género desde su localidad, con la finalidad de combatir las políticas estatales que buscan determinar y normar la organización social de los pueblos. Esto implica que las comunidades sean capaces de: reconocer cómo el orden de género se despliega en su localidad; reconocer cómo las desigualdades de género impactan de manera negativa sus relaciones sociales; y proponer alternativas comunitarias para el abordaje de dichas desigualdades.